El Departamento de Misterios es una sección del Ministerio de Magia que lleva a cabo la investigación confidencial. La mayor parte de sus operaciones se llevan a cabo en total secreto. Pocos magos en el Ministerio saben realmente lo que se encuentra dentro de este departamento. Aquellos magos que trabajan en el Departamento de Misterios se los conocen como Innombrables o Inefables debido a la naturaleza confidencial de su trabajo. Se llevan registros de magos con habilidades especiales y además se enseña a dominar ciertas habilidades especiales como la Legeremancia, Oclumancia, Antisomancia, Animagia. Se encuentra en el noveno piso.